Çalışan kalpte by-pass ameliyatında kalp durdurulmadan yani kalp-akciğer pompasına bağlanmadan yapılan ameliyattır. Bu ameliyat ileri yaştaki, akciğer fonksiyonları ileri derecede bozulmuş, böbrek fonksiyonları bozuk hastalar, kalp krizine bağlı kalp performansının düşük olduğu hastalar ile felç geçirme riski olan hastalara uygulanır. Özel cihazlarla kalp çalışmaya devam ederken tıkalı damar bölgesi hareketsiz hala getirilerek önceden ayaktan, göğüs damarından veya kol damarından hazırlanan yeni damar ile by-pass yapılır. Bu ameliyatlarda hastanın hastanede kalış süresinin ve ameliyatta kan kullanılmasının az olması en avantajlarındandır.